La Supercopa 2023/24 contará con la participación de sesenta y cuatro equipos en su fase de grupos, los cuales estarán divididos en dieciséis cuadrangulares clasificatorios. 
La clasificación a esta instancia inicial provendrá de cada una de las ligas afiliadas, quienes contarán con cuatro plazas disponibles: dos por mérito deportivo y dos por invitación. En caso de que alguna Liga no complete el cupo establecido, será la Federación quien tenga la potestad de cursar invitación al club que lo crea merecedor.
Una vez conformadas las zonas de la etapa inicial, los cuadrangulares se disputarán con el sistema de todos contra todos en partidos de ida y vuelta. Aquellos equipos que finalicen en las dos primeras ubicaciones seguirán su camino en la Supercopa, en tanto que aquellos que finalicen en el tercer lugar jugarán la Copa Entre Ríos.

En la continuidad de la Supercopa, se enfrentarán en dieciseisavos de final los treinta y dos equipos clasificados. Por lo tanto, en esta primera instancia eliminatoria se volverán a separar los caminos de dichos equipos por última vez. Quienes resulten ganadores de las llaves pasarán a disputar los octavos de final, mientras que aquellos que queden eliminados de las series, jugarán la Copa Entre Ríos, sumándose a los dieciséis equipos citados con anterioridad y totalizando treinta y dos participantes.
A partir de esta etapa, el fútbol provincial contará con la disputa de dos certámenes paralelos que, por ende, consagrará a dos campeones diferentes. Estos equipos, más allá de obtener sendas plazas al Torneo regional Amateur 2024/25, disputarán una final entre sí, donde estará en juego la Copa Federación Entrerriana de Fútbol.
En cuanto a los tiempos de la competencia, se tiene previsto inicial la temporada el próximo 15 de noviembre, finalizando ambas competencias durante la primera quincena de abril.