En la noche del 18 de enero de 2015, el cuerpo del entonces fiscal de la causa que investiga el atentado contra la AMIA fue hallado en el baño de su departamento de Puerto Madero por su madre, Sara Garfunkel, con un orificio de bala en la cabeza.
   La muerte se dio cuatro días después de que Nisman denunciara a la entonces presidenta Cristina Kirchner y su canciller Héctor Timerman, junto a otros funcionarios y dirigentes cercanos al kirchnerismo, por presunto intento de encubrimiento del atentado a la AMIA y un día antes de que se presentara en el Congreso.
   La denuncia de Nisman apuntaba contra el Memorándum de Entendimiento con Irán que había promovido la Argentina y que fue aprobado por el Congreso: el fiscal afirmó que detrás había un pacto para que cesaran las alertas rojas contra los iraníes acusados.
   El sábado 17 de enero, un día antes de que apareciera su cuerpo, Nisman recibió 40 llamadas telefónicas de las entonces diputadas nacionales del PRO Patricia Bullrich y Laura Alonso, quienes habían cursado la invitación al fiscal para que diera detalles en el Congreso sobre su denuncia.
   Ese mismo día por la tarde, según constató la investigación, Nisman había recibido en su casa al técnico informático Diego Lagomarsino, titular de la pistola Bersa calibre 22 que efectuó el disparo mortal en la cabeza del fiscal.
   El técnico informático aseguró que Nisman le había pedido el arma prestada por seguridad, dado que temía por su vida y, principalmente, por la de sus hijas, y no confiaba en su custodia, según el relato de Lagomarsino.
   A partir del hallazgo del cuerpo y en medio de la agitación política por el hecho, se abrieron básicamente dos hipótesis: la del suicidio -voluntario o inducido- y la del asesinato político, sostenida entre otros por la ex esposa de Nisman y jueza federal de San Isidro Sandra Arroyo Salgado.
   El hecho fue investigado inicialmente como "muerte dudosa" y la causa quedó a cargo de la fiscal Viviana Fein, quien el 24 de enero informó que "el disparo fue a una distancia no mayor a un centímetro" y que "no se infiere la participación de terceras personas".
   En mayo de 2015, una junta de 13 peritos del Cuerpo Médico Forense y la Policía Federal presentó la pericia médica sobre el cuerpo de Nisman, de la que también participaron Osvaldo Raffo y el legista Julio Ravioli como peritos de la parte querellante (Arroyo Salgado) pero se negaron a firmar.
   El informe señaló que la muerte fue "menor a 24 horas" en un sentido "amplio", y en un sentido "acotado" "entre 14 y 24 horas", desde la realización de la autopsia, en las primeras horas del lunes 19 de enero y que el disparo se efectuó dos centímetros arriba de la oreja.
   "Ninguna de las observaciones contenidas en los aspectos médico-legales del informe técnico elaborado por la querella, en forma individual o en conjunto, indican con certeza pericial médico legal que se haya tratado de un hecho homicida", agregó el informe pericial.
   A su vez, dictaminó que en su muerte no había habido participación de "terceras personas", pese a que en las manos del cuerpo sin vida de Nisman no habían encontrado restos de pólvora.
   A mediados de diciembre de 2015, la jueza en lo Penal Fabiana Palmaghini, que hasta entonces había supervisado la investigación, decidió asumirla plenamente y apartó a la fiscal Fein de la función que había cumplido hasta el momento.
   En marzo de 2016 -terminado ya el gobierno de Cristina Kirchner e iniciado el de Mauricio Macri- la jueza Palmaghini se declaró incompetente inmediatamente después de tomarle declaración al ex hombre fuerte de la Secretaría de Inteligencia Jaime Stiuso (que trabajaba con Nisman en la causa AMIA) y pasó la causa al fuero federal, como en su momento había reclamado Arroyo Salgado.
   Tras un rechazo inicial de esos tribunales, la Corte Suprema resolvió en septiembre de 2016 que el caso se investigara en la Justicia Federal y la causa quedó en manos del juez Julián Ercolini.
   En abril de 2017, el fiscal Eduardo Taiano dispuso realizar nuevamente las pericias médica y técnica (sobre los dispositivos electrónicos) y encargó la tarea a la Gendarmería Nacional, que en septiembre presentó el informe en el cual señaló que había rastros de ketamina en el cuerpo de Nisman y que había sido ejecutado por al menos dos personas situadas en el baño del departamento.
   El fuerte contraste entre la pericia de Gendarmería y la del Cuerpo Médico Forense y la Policía Federal no hizo más que agigantar la polémica en torno al caso, casi siempre enfocada desde la política partidaria, y profundizar la incertidumbre ante la pregunta más importante: si se mató o lo mataron.
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Un procesado y una denuncia desestimada.
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En diciembre de 2017, casi tres años después del hecho, el juez Ercolini procesó a Diego Lagomarsino como "partícipe necesario" del "delito de homicidio simple agravado por el uso de armas de fuego", pero le permitió quedar en libertad con un tobillera electrónica.
   Lagomarsino rechaza su procesamiento y en cada una de las entrevistas y declaraciones que brindó desde entonces insiste en que, para él, no hay dudas de la muerte de Nisman fue por un "autodisparo".
   "Hoy yo tengo muy claro que fue un autodisparo. No sabemos el por qué realmente llegó a esta situación Alberto. Es un misterio, pero están las pruebas más que sobradas para demostrarlo", insistió el técnico informático en una entrevista radial en enero de 2020.
   La investigación sobre la muerte de Nisman abrió también causas paralelas, entre ellas una por lavado de dinero que se originó cuando se descubrió, un mes después de la muerte del fiscal, que tenía una cuenta bancaria no declarada en los Estados Unidos con 600 mil dólares, la cual compartía con su madre, su hermana y con Lagomarsino.
   En enero del año pasado, el juez federal Marcelo Martínez de Giorgi ordenó el embargo de la totalidad de los bienes muebles e inmuebles de la madre y la hermana de Nisman y de Lagomarsino, en el marco de la causa que investiga el presunto lavado.
   La DAIA y buena parte de la dirigencia de Juntos por el Cambio, al igual que Arroyo Salgado, sostienen que lo ocurrido con Nisman fue un "magnicidio", mientras que Lagomarsino insiste en que el fiscal se suicidó, al igual que buena parte del kirchnerismo, que descree de la pericia de Gendarmería.
   En octubre de 2020 Lagomarsino dejó de usar la tobillera electrónica, aunque se reporta al juzgado para notificar que sigue ajustado a derecho.
   El 7 de octubre de 2021, el Tribunal Oral Federal N° 8 resolvió por unanimidad sobreseer a la ex presidenta Cristina Kirchner y otros procesados por la denuncia que había presentado Nisman, tras considerar que "el Memorándum de Entendimiento con Irán, más allá de que se lo considere un acierto o desacierto político, no constituyó un delito". Fuente NA